เนื้อหาของ Granblue Fantasy: Relink - Endless Ragnarok จะเป็นการต่อยอดเรื่องราวจากภาค Relink เดิม โดยเล่าถึงความวุ่นวายครั้งใหม่ในอาณาจักรลอยฟ้า Zegagrande Skydom เมื่อมีสิ่งมีชีวิตปริศนาที่ถูกเรียกว่า Ragnalia ปรากฏตัวขึ้นพร้อมกับลางบอกเหตุถึงวันสิ้นโลก รวมถึงการมาเยือนของศัตรูสุดแกร่งอย่าง Beelzebub ภายในเกมจะมีการเพิ่มโหมดการเล่นใหม่ เช่น The Conflux สำหรับผู้เล่นสาย Solo ที่ต้องการความท้าทาย และระบบ Master Traits ที่จะช่วยขยายขีดจำกัดความสามารถของตัวละครให้สูงขึ้นกว่าเดิม