Monster Hunter Stories 3 จะพาผู้เล่นเดินทางไปยังดินแดนใหม่ในโลกของ Monster Hunter กับเรื่องราวของอาณาจักร Azuria และ Vermeil ที่กำลังเผชิญวิกฤตครั้งใหญ่จากปรากฏการณ์คริสตัลลุกลาม และการสูญพันธุ์ของเหล่ามอนสเตอร์ ท่ามกลางวิกฤตนี้ ได้มีการค้นพบไข่ลึกลับใบหนึ่งที่กลายเป็นความหวังครั้งใหม่ เมื่อไข่ฟักออก กลับปรากฏร่างของ Rathalos มังกรในตำนานที่เคยสูญพันธุ์ไปแล้ว แต่ก่อนที่ทุกอย่างจะจบลงด้วยดี มังกรตัวที่สองก็โผล่ออกมาจากไข่เดียวกัน มันคือ Rathalos แฝดที่มีเครื่องหมายเดียวกับ Skyscale Rathalos ในตำนานที่เคยนำไปสู่สงครามกลางเมืองเมื่อ 200 ปีก่อน กลิ่นอายแห่งความสูญสิ้นจึงหวนกลับมาอีกครั้ง พร้อมกับสัญญาณของหายนะใหม่ที่กำลังก่อตัวขึ้น