SHINOBI: Art of Vengeance ติดตามเรื่องราวของ โจ มูซาชิ ยอดนินจาและตัวเอกขาประจำของซีรีส์ หลังจากเสร็จสิ้นการผจญภัยครั้งก่อน เขากลับมาถึงบ้านเพียงเพื่อพบว่าหมู่บ้านของเขาถูกเผาจนย่อยยับ และสมาชิกในตระกูลถูกสาปให้กลายเป็นหิน ด้วยแรงผลักดันจากความแค้น โจจึงออกเดินทางสู่การผจญภัยสุดยิ่งใหญ่ ต่อสู้กับกองทัพศัตรูและบอสสุดอลังการ ท่ามกลางโลกที่ถ่ายทอดผ่านงานศิลป์วาดมืออันน่าทึ่ง