Granblue Fantasy: Relink เป็นเกมแอ็กชัน RPG ในจักรวาล Granblue Fantasy ที่จะดำเนินเรื่องราวอยู่ในอาณาจักรเดียวกับเกมต้นฉบับ Granblue Fantasy แต่เหตุการณ์จะดำเนินคนละสถานที่กัน และจะมีบางตัวละครจากเกมต้นฉบับที่จะเข้ามามีบทบาทในเกม Granblue Fantasy: Relink ซึ่งเหตุการณ์ภายในเกมภาค Relink จะดำเนินใน Zegagrande Skydom เกาะลึกลับที่ถูกปกปักรักษาดินแดนโดยสิ่งมีชีวิตบรรพกาลสุดทรงพลัง และมีเรื่องเล่าขานเกี่ยวกับองค์กรลึกลับนามว่า Church of Avia ที่น่าสงสัย